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/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00469 < prev    next >
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Text File  |  1995-03-04  |  2.3 KB  |  50 lines
  1. ********************************************
  2. * HlyD family secretion proteins signature *
  3. ********************************************
  4.  
  5. Gram-negative bacteria  produce  a  number of proteins which are secreted into
  6. the growth medium by a mechanism that  does  not  require a cleaved N-terminal
  7. signal sequence. These proteins, while having different functions, require the
  8. help of two or more proteins  for  their  secretion  across the cell envelope.
  9. Amongst which a  protein  belonging  to  the  ABC transporters family (see the
  10. relevant section) and a  protein  belonging to  a  family  which  is currently
  11. composed [1 to 5] of the following members:
  12.  
  13.  Gene  Species                  Protein which is exported
  14.  ----  ----------------------   --------------------------------------------
  15.  hlyD  Escherichia coli         Hemolysin
  16.  appD  A.pleuropneumoniae       Hemolysin
  17.  lcnD  Lactococcus lactis       Lactococcin A
  18.  lktD  A.actinomycetemcomitans  Leukotoxin
  19.        Pasteurella haemolytica
  20.  cyaD  Bordetella pertussis     Calmodulin-sensitive adenylate cyclase-
  21.                                 hemolysin (cyclolysin)
  22.  cvaA  Escherichia coli         Colicin V
  23.  prtE  Erwinia chrysanthemi     Extracellular proteases B and C
  24.  aprE  Pseudomonas aeruginosa   Alkaline protease
  25.  emrA  Escherichia coli         Drugs and toxins
  26.  
  27. These proteins  are  evolutionary related and consist of from 390 to 480 amino
  28. acid residues. Their exact role in the secretion process is not yet known.
  29.  
  30. The C-terminal section of these proteins is the best conserved region; we have
  31. derived a signature pattern from that region.
  32.  
  33. -Consensus pattern: [LIVM]-x(2)-G-[LM]-x(3)-[STGAV]-x-[LIVMT]-x-[LIVMT]-[GE]-
  34.                     x-[KR]-x-[LIVMFYW](2)-x-[LIVMFYW](3)
  35. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  36.  for emrA.
  37. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  38. -Last update: June 1994 / Text revised.
  39.  
  40. [ 1] Gilson L., Mahanty H.K., Kolter R.
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  50.